byte[] buffer = new byte[is.available()];

Вероятно InputStream, возвращаемый класслодером для ресурса из jar-ки не реализует метод available (честно говоря и не должен), и возвращает всегда 0. Т.е. закладываться на этот метод в данном случае нельзя. Нужно сделать ByteArrayOutputStream baos, скопировать в него при помощи буфера фиксированого размера то что нужно из InputStream, и потом использовать byte[] полученый из baos.toByteArray().